Tuy vậy, linh mục Hóa cũng bị đối phương cáo buộc phạm các tội ác chiến tranh. Ông bị cáo buộc là đã dung dưỡng cho các binh sĩ dưới quyền thi hành những hành động tàn bạo đối với đối phương, thậm chí đối với dân thường bị nghi ngờ. Theo tài liệu thống kê tại Khu di tích Biệt khu Hải Yến, đã có 1.675 đảng viên, thường dân bị các binh sĩ Biệt khu Hải Yến giết hại bằng những biện pháp tàn bạo như dùng búa để đập đầu, chặt đầu, dùng dao, lê để mổ bụng lấy gan mật, cắt lỗ tai, thọc huyết… [8][9][10]